Organizacja Lubuskiego Urzędu Skarbowego została określona Regulaminem Organizacyjnym nadanym na podstawie Zarządzenia Nr 16/2017 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Zielonej Górze z 10 marca 2017 r. w sprawie nadania Regulaminu organizacyjnego Lubuskiego Urzędu Skarbowego w Zielonej Górze.

Lubuskim Urzędem Skarbowym kieruje Naczelnik Urzędu, który jest organem niezespolonej administracji rządowej podlegającej Ministrowi Finansów.

Naczelnik Urzędu Skarbowego kieruje pracą Urzędu przy pomocy Zastępcy, kierowników komórek organizacyjnych oraz pracowników zatrudnionych w wieloosobowych lub jednoosobowych stanowiskach pracy.

Podstawowymi komórkami organizacyjnymi Urzędu są działy, referaty i wieloosobowe stanowiska pracy. Strukturę organizacyjną urzędu oraz szczegółowy zakres zadań komórek organizacyjnych urzędu określa Regulamin Organizacyjny.

Podstawa prawna działania:

1. Ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowe,
2. Zarządzenie  Nr 16/2017 Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Zielonej Górze z dnia 10 marca 2017 r. w sprawie nadania Regulaminu organizacyjnego Lubuskiego Urzędu Skarbowego w Zielonej Górze.