Tryb działania Naczelnika Drugiego Urzędu Skarbowego w Zielonej Górze określają następujące akty prawne:

• ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowe,
• ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. Ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. Przepisy wprowadzające ustawę o Krajowej Administracji Skarbowej,
• ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa,
• ustawa z dnia 13 października 1995 r. o zasadach ewidencji i identyfikacji podatników i płatników,
• ustawa z 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji,
• ustawa z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego,
• ustawa z dnia 5 sierpnia 2010 r. o ochronie informacji niejawnych,
• ustawa z dnia 17 lutego 2005 r. o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne,
• ustawa z dnia z dnia 10 września 1999 r. Kodeks karny skarbowy,
• ustawa z dnia 6 czerwca 1997 r. Kodeks postępowania karnego,
• Ustawa z dnia 21 listopada 2008 r. o służbie cywilne,
• Ustawa z dnia 23 stycznia 2009 r. o wojewodzie i administracji rządowej w województwie,
• Ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych,
• Ustawa z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości,
• Ustawa z dnia 29 stycznia 2004 r. Prawo zamówień publicznych,
• Ustawa z dnia 6 września 2001 r. o dostępie do informacji publicznej,
• Ustawa z dnia 10 maja 2018 r. o ochronie danych osobowych,
• Ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnym,
• Ustawa z dnia 27 lipca 2001 r. o ochronie baz danych,
• Ustawa z dnia 1 marca 2018 r. o przeciwdziałaniu praniu pieniędzy oraz finansowaniu terroryzmu,
• Rozporządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 24 lutego 2017 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib dyrektorów izb administracji skarbowej, naczelników urzędów skarbowych i naczelników urzędów celno-skarbowych oraz siedziby dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej,
• Zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 28 grudnia 2017 r. w sprawie zasad rachunkowości i planów kont dla organów podatkowych podległych ministrowi właściwemu ds. finansów publicznych  w zakresie poboru i rozliczenia podatków, opłat, wpłat z zysku przedsiębiorstw państwowych, jednoosobowych spółek Skarbu
• Państwa oraz banków państwowych, a także innych niepodatkowych należności budżetowych, do których poboru, ustalania lub określania są uprawnione organy podatkowe;
• Zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 28 lutego 2017 r. w sprawie wprowadzenia instrukcji kancelaryjnej izby administracji skarbowej, urzędów skarbowych i urzędów celno-skarbowych oraz instrukcji w sprawie organizacji i zakresu działania archiwum zakładowego izb administracji skarbowe,
• Zarządzenie Ministra Finansów z dnia 5 lutego 2019 r.  w sprawie organizacji Krajowej Informacji Skarbowej, izby administracji skarbowej, urzędu skarbowego, urzędu celno-skarbowego i Krajowej Szkoły Skarbowości  oraz nadania im statutów,
• Zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 28 lutego 2017 r. w sprawie wprowadzenia jednolitego rzeczowego wykazu akt w izbach administracji skarbowej, urzędach skarbowych i urzędach celno-skarbowych.