Zgodnie z art. 68 ust. 1 ustawy o finansach publicznych zwanej dalej „ustawą" kontrola zarządcza to ogół działań podejmowanych dla zapewnienia realizacji celów i zadań w sposób zgodny z prawem, efektywny, oszczędny i terminowy.

Celem kontroli zarządczej jest zapewnienie w szczególności:

• zgodności działalności z przepisami prawa oraz procedurami wewnętrznymi;
• skuteczności i efektywności działania;
• wiarygodności sprawozdań;
• ochrony zasobów;
• przestrzegania i promowania zasad etycznego postępowania;
• efektywności i skuteczności przepływu informacji;
• zarządzania ryzykiem.

Dyrektor Izby  Administracji Skarbowej prowadzi działania związane z zapewnieniem funkcjonowania adekwatnej, skutecznej i efektywnej kontroli zarządczej w Izbie Administracji Skarbowej. W tym celu, podejmuje decyzje związane z planowaniem i monitorowaniem realizacji celów i zadań na poziomie regionalnym i lokalnym, zarządzaniem ryzykiem, prowadzeniem samooceny kontroli zarządczej, w szczególności związanych z tym działań korygujących i naprawczych, a także zatwierdza dokumentację związaną z funkcjonowaniem kontroli zarządczej w Izbie Administracji  Skarbowej. Zastępcy Dyrektora Izby Administracji Skarbowej, naczelnicy urzędów skarbowych, naczelnicy urzędu celno-skarbowego oraz kierownicy komórek organizacyjnych ponoszą odpowiedzialność za nadzorowanie i kontrolowanie realizacji procesów zachodzących w podległych komórkach organizacyjnych.

Zgodnie z art. 69 ust. 3 ustawy podstawowe wymagania odnoszące się do kontroli zarządczej w sektorze finansów publicznych zostały określone w Załączniku do Komunikatu Nr 23 Ministra Finansów z dnia 16 grudnia 2009 r. w sprawie standardów kontroli zarządczej dla sektora finansów publicznych, zwanych dalej „Standardami".

Standardy stanowią uporządkowany zbiór wskazówek, które osoby odpowiedzialne za funkcjonowanie kontroli zarządczej powinny wykorzystać do tworzenia, oceny i doskonalenia systemów kontroli zarządczej. Standardy zostały przedstawione w pięciu grupach odpowiadających poszczególnym elementom kontroli zarządczej:

• środowisko wewnętrzne;
• cele i zarządzanie ryzykiem;
• mechanizmy kontroli;
• informacja i komunikacja;
• monitorowanie i ocena.

Kontrola zarządcza w Izbie Administracji Skarbowej jest na bieżąco monitorowana i poddawana ocenie. Celem tego działania jest identyfikacja jej słabości i niedoskonałości tak, aby prawidłowo zaprojektować i zastosować odpowiednie środki naprawcze dla racjonalnego zapewnienia realizacji celów i zadań Izby Skarbowej w sposób zgodny z prawem, efektywny, oszczędny i terminowy. Ocena taka może być dokonana m.in. w drodze samooceny kontroli zarządczej zalecanej w Standardach.

Potwierdzenie uzyskania zapewnienia o stanie kontroli zarządczej następuje w formie oświadczenia za poprzedni rok, podpisywanego przez Dyrektora Izby Administracji  Skarbowej, uwzględniającego cele kontroli zarządczej oraz zakres odpowiedzialności za jej funkcjonowanie.