Sposób przyjmowania i załatwiania spraw regulują w szczególności przepisy następujących aktów prawnych:

• Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa,
• Ustawa z 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego,
• Zarządzenie   Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 28 lutego 2017 r. w sprawie wprowadzenia instrukcji kancelaryjnej izb administracji skarbowej, urzędów skarbowych i urzędów celno-skarbowych oraz instrukcji w sprawie organizacji o zakresu działania archiwum zakładowego izb administracji skarbowej
• Zarządzenie Nr 3 Ministra Finansów z dnia 22 stycznia 2015 r. w sprawie prowadzenia rejestrów oraz przekazywania informacji w sprawach sądów administracyjnych,
• Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 8 stycznia 2002 r. w sprawie organizacji przyjmowania i rozpatrywania skarg i wniosków,
• Regulamin organizacyjny Lubuskiego Urzędu Skarbowego w Zielonej Górze.

Sprawy w urzędzie załatwiane są zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa przy poszanowaniu zasad wynikających z Kodeksu postępowania administracyjnego i Ordynacji podatkowej.

Zgodnie z Ordynacją podatkową załatwienie sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej - nie później niż w ciągu dwóch miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, chyba że przepisy szczególne stanowią inaczej (art. 139 § 1 Op).

Niezwłocznie powinny być załatwiane sprawy, które mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawionych przez stronę, lub na podstawie faktów powszechnie znanych i dowodów znanych z urzędu organowi prowadzącemu postępowanie. (art. 139 § 2).

W przypadku niezałatwienia sprawy we właściwym terminie urząd ma obowiązek zawiadomienia strony o przyczynach niedotrzymania terminu, wskazując nowy termin załatwienia sprawy (art. 140 § 1 Op). Do terminu, w którym ma być wydana decyzja nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego do dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia postępowania oraz okresów opóźnienia spowodowanych z winy strony albo z przyczyn niezależnych od organu (art. 139 § 4 Op).

Na niezałatwienie sprawy we właściwym terminie służy stronie ponaglenie do organu wyższego stopnia , tj. do Ministerstwa Finansów (art. 141 §1 Op). Postępowanie wszczynane jest na wniosek strony lub z urzędu. Przy postępowaniu odwoławczym, odwołanie wnosi się do Ministerstwa Finansów za pośrednictwem organu pierwszej instancji, który tę decyzję wydał.

Sprawy załatwiane są w formie pisemnej. Uprawnienia do podpisywania pism określa Regulamin organizacyjny Organu.