W Izbie Administracji Skarbowej w Zielonej Górze prowadzone są następujące rejestry i archiwa:

1. Rejestr biegłych skarbowych. Rejestr biegłych skarbowych w Izbie Administracji Skarbowej w Zielonej Górze prowadzi komórka egzekucji administracyjnej. Rejestr udostępniany jest na prośbę zainteresowanego podmiotu w siedzibie Izby Administracji Skarbowej od poniedziałku do piątku w godzinach od 7.30 do 15.30,.
2. Rejestr pism i spraw. Wszelkie czynności związane z rejestrowaniem, ewidencjonowaniem i archiwizowaniem dokumentów są dokonywane w oparciu o obowiązujące przepisy oraz regulacje wewnętrzne.
3. Ewidencja skarg wnoszonych do WSA i NSA.
4. Rejestr skarg i wniosków.

Prowadzenie archiwum zakładowego Izby Administracji Skarbowej w Zielonej Górze należy do zakresu działania Pionu Logistyki i Usług oraz Kontroli, Cła i Audytu. Archiwum prowadzone jest w siedzibie Izby Administracji Skarbowej w Zielonej Górze przez wyznaczonych pracowników, którzy dokonują udostępnienia przechowywanej dokumentacji na wniosek zainteresowanego podmiotu za zgodą Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Zielonej Górze.

Udostępnienie dokumentacji do celów naukowo-badawczych odbywa się, o ile nie narusza to prawnie chronionych interesów państwa i obywateli, zgodnie z treścią Rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 27 września 2005 r. w sprawie sposobu, zakresu i trybu udostępniania danych zgromadzonych w rejestrze publicznym. Udostępnienie danych zawartych w rejestrach publicznych następuje na wniosek złożony w formie pisemnej lub elektronicznej, wyłącznie po wskazaniu zadania publicznego i podstawy prawnej jego realizacji oraz zobowiązaniu podmiotu ubiegającego się o udostępnienie danych do ich wykorzystania wyłącznie do realizacji zadania publicznego. Podmiot, któremu udostępniono dane zgromadzone w rejestrze odpowiada za bezpieczeństwo i integralność uzyskanych danych.

Prowadzenie rejestrów i archiwum w Izbie Administracji Skarbowej w Zielonej Górze regulują:

1. Ustawa z dnia 14 lipca 1983 r. o narodowym zasobie archiwalnym i archiwach.
2. Zarządzenie Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 28 lutego 2017 r. w sprawie wprowadzenia instrukcji kancelaryjnej izb administracji skarbowej, urzędów skarbowych i urzędów celno-skarbowych oraz instrukcji w sprawie organizacji i zakresu działania archiwum zakładowego izb administracji skarbowej.
3. Ustawa z dnia 5 sierpnia 2010 r. o ochronie informacji niejawnych.
4. Ustawa z dnia 26 stycznia1984 r. Prawo prasowe.
5. Ustawa z dnia 17 lutego 2005 r. o informatyzacji działalności podmiotów realizujących zadania publiczne.
6. Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 27 września 2005 roku w sprawie sposobu, zakresu i trybu udostępniania danych zgromadzonych w rejestrze publicznym.
7. Ustawa z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości.
8. Ustawa z dnia 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji.
9. Ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa.